Sultan Melikşah’ın Ahmed (ö.1088/481), Dâvud (ö. 1082/474), Berkyaruk, Muhammed Tapar, Sencer, Tuğrul, Emîr Humar, Mahmud adlarında sekiz oğlu; Gevher (Cevher), Mâhmelek ve Seyyide adlarında üç kızı vardı. Bunların dışında kaynaklarda isimleri geçmeyen ve küçük yaşta ölen iki erkek çocuğu daha bulunuyordu. Oğullarının en büyüğü Ahmed idi.
Sultan Melikşah Kasım 1087 tarihinde 10 yaşındaki büyük oğlu Ahmed’i veliaht tayin etmişti. Bu melik bir yıl sonra Merv şehrinde hayatını kaybedince sultan, o sırada hayatta bulunan oğullarından yaşça en büyüğü olan Melik Berkyaruk’u veliaht ilan etti. Sultan Melikşah 19 Kasım 1092 (16 Şevval 485) tarihinde vefat ettiğinde hayatta kalan oğulları içinde en büyüğü Berkyaruk idi. Haziran-Temmuz 1081 (Muharrem 474) tarihinde dünyaya gelmişti; yani babası vefat ettiğinde 12 yaşında idi. Sultan Melikşah’ın hayatta kalan oğullarından yaşça ikinci büyük olanı Muhammed Tapar ise 21 Ocak 1082 (18 Şaban 474)’de “Tâceddin Seferiye Hatun” adlı bir cariyeden dünyaya gelmişti. Kaynaklarda çocukluk dönemine ait pek bir bilgi bulunmamaktadır. Babası vefat ettiğinde henüz 11 yaşında idi ve onunla birlikte hilâfet merkezi Bağdat’ta bulunuyordu. Melikşah’ın vefatı sonrasında üvey annesi Terken Hatun ve onun öz oğlu Mahmud ile birlikte İsfahan’a gitti. Sultan Berkyaruk burada Terken Hatun ile Mahmud’u kuşatma altında tutuyorken, Muhammed Tapar bir fırsatını bularak Terken Hatun’un yanından kaçtı ve annesi Seferiye Hatun’un da bulunduğu Berkyaruk tarafına geçti. Bunun üzerine Sultan Berkyaruk 1093’te Bağdat’a giderken Muhammed Tapar’ı da yanında götürdü. Gence ve çevresini kardeşine ikta ettiği gibi aynı zamanda onu Gence Meliki tayin etti. Yanına da güvendiği adamlarından Emîr Kutluğtekin’i atabeg olarak atadı.
Melik Sencer’e gelince, 27 Kasım 1084 (25 Receb 477) tarihinde doğmuştu; yani babası öldüğünde henüz 8 yaşında idi. Seferiye Hatun Sencer’e hamile iken Sultan Melikşah onu yanında Suriye seferine götürmüştü; bu yüzden Sincar şehrinde dünyaya geldi. Sultan Berkyaruk sonradan kardeşi Melik Sencer’e Horasan Eyaleti’ni ikta etti. Böylece Sencer, Sultan Berkyaruk ve ondan sonra tahta geçen Muhammed Tapar dönemlerinde Horasan Meliki olarak önemli bir görevi başarıyla yerine getirdi.